O ficheiro batch também é um excelente recurso para criar um script de instalação do Configuration Manager. Apesar de o script utilizar caminhos completos para os ficheiros de configuração, pode utilizar caminhos relativos. Também é disponibilizado um ficheiro Summary.txt, que oferece informações detalhadas sobre todos os instaladores de aplicação incluídos na implementação, como o nome do instalador e o número da compilação. Para realizar uma instalação completamente automatizada, desative a primeira linha de código no ficheiro batch e remova o comentário da segunda linha. Neste caso, não é apresentada nenhuma interface de utilizador. (A instalação predefinida do ficheiro batch tem uma interface de utilizador mínima.)
Nota: tem de ter privilégios administrativos para executar o ficheiro de arranque transferido.